iPaper2 verfügt über die Möglichkeit die Einstellungen der Software und aller Funktionen von außen per XML Kommandos zu steuern und zu beeinflussen. Das betrifft die Grund-Einstellungen beim Start von iPaper2. Zusätzlich ist es damit auch möglich die Grundsettings dynamisch während der Verarbeitung der einzelnen PDF Dateien zu übersteuern. Dies kann entweder über eine extern zur Verfügung gestellte XML Datei erfolgen oder aber die XML Information wird „mitgedruckt“, vor der Verarbeitung im Dokument gesucht, extrahiert und für die Steuerung der Weiterverarbeitung herangezogen. Nach dem Extrahieren der XML Information aus dem PDF lassen sich die Seiten auf welchen sich die XML Information befunden hat aus dem Ergebnisdokument entfernen und löschen.
Über diese Steuerbefehle können sowohl die gewünschten Verarbeitungsschritte (Actions) für die Weiterverarbeitung der PDF Datei gesteuert, Voreinstellungen getroffen aber auch Elemente und Funktionen des User Interfaces deaktiviert werden.